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🔬 Resistoma
Para identificar genes que podem estar envolvidos na resistência a antimicrobianos, iremos utilizar o programa RGI (Resistance Gene Identifier). O RGI é um programa que faz a predição do resistoma a partir do alinhamento de sequências de nucleotídeos ou proteínas (incluindo dados metagenômicos) contra o banco curado de dados CARD (The Comprehensive Antibiotic Resistance Database) (Alcock et al. 2022). Os resultados se baseiam na homologia dos hits contra o CARD e em modelos de detecção de polimorfismos (SNPs). O RGI pode ser usado com os alinhadores BLAST ou DIAMOND e as análises podem ser conduzidas no portal RGI online:
- Acesse o link: https://card.mcmaster.ca/analyze/rgi
- Faça o upload da montagem em formato FASTA (
aula_04) e mantenha as opções default selecionadas (DNA sequence, Perfect and Strict hits only, Exclude Nudge, High Quality/Coverage) - Clique no botão Submit. Uma tabela com os resultados vai aparecer quando as análises estiverem prontas.
Explore os resultados das abas disponíveis (AMR Genes, Drug Class, Resistance Mechanism)
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📖 Referências
- Alcock BP, Huynh W, Chalil R, et al (2022) CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res 51:D690–D699. https://doi.org/10.1093/nar/gkac920