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🧬 QUAST - Qualidade de Montagens

Após a montagem de um genoma, é fundamental avaliar sua contiguidade e integridade para assegurar a confiabilidade das análises subsequentes. Para isso, utilizamos programas que calculam métricas de contiguidade e completude dos genomas. O QUAST (Quality Assessment Tool for Genome Assemblies) é um programa que calcula métricas como N50, L50, tamanho total da montagem, número de contigs, além de gerar gráficos sobre a distribuição do tamanho dos contigs e/ou scaffolds e do conteúdo de GC (Mikheenko et al. 2018). O QUAST é amplamente utilizado em análises de bioinformática por sua eficiência, praticidade e resultados detalhados.

  1. Certifique-se de que o programa está instalado e disponível no ambiente de gerenciamento criado para a disciplina. Para isso, ative o ambiente com o seguinte comando:

    micromamba activate metodos

  2. Para testar se o QUAST está instalado no seu sistema, vamos chamar o comando do programa do seu terminal:

    quast

    Caso o programa esteja instalado, você verá um resumo das opções disponíveis para o programa. Se não estiver instalado, um warning vai aparecer na linha de comando:

    -bash: quast: command not found

    Se o programa estiver instalado, pule para o passo 4.

  3. Caso o QUAST não esteja instalado no seu ambiente, vamos instalá-lo a partir do repositório de programas de bioinformática chamado Bioconda, com o comando:

    micromamba install -c bioconda quast

  4. Com o programa instalado, vamos iniciar a análise de qualidade do genoma montado com o seguinte comando:

    quast nome_do_arquivo.fasta -o output

❗ Não esqueça de substituir o “nome_do_arquivo” pelo do seu genoma montado, no diretório aula_04, e dê o nome de sua preferência para o diretório de output.

  1. Após a análise ter terminado, mude para o diretório de output e abra o arquivo report.html.

Analise os resultados:

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📖 Referências